Grecy twierdzą, że wino commandaria wywodzi się z biblijnych czasów. Powstało na Cyprze, a jego nazwa odnosi się do komendy (dowództwa) nad twierdzą, przy czym chodzi tu o zbudowaną w 1192 roku przez Templariuszy twierdzę Króla Ryszarda Lwie Serce. Było ważnym produktem eksportowym Cypru w okresie wczesnego średniowiecza, pito je na dworach Wenecji i w willach Dalmacji. Kres jego świetności przyniosła turecka okupacja Cypru – wyspę zajął w 1571 roku sułtan Selim II, znany też jako Selim Opój lub Selim Pijak. Alkoholowe ciągoty otomana nie powstrzymały muzułmańskich najeźdźców do zniszczenia cypryjskich winnic. Ten stan trwał ponad 300 lat, dopiero w 1878 roku Cypr został zajęty przez Brytyjczyków, pozostawał pod kontrolą Korony do 1959 roku. Upodobanie Anglików do win wzmacnianych szybko wskrzesiło dawne tradycje i receptury. Odnowiono winnice, ustawiono solery, choć z uwagi na niewielką skalę produkcji commandaria stała się winem cenionym, ale już znanym głównie lokalnie.
Jak można wyczytać w materiałach reklamowych jednego z czołowych producentów wina na Cyprze, firmy Loel: już w 1100 roku p.n.e. poeta epicki Homer odnosił się do wina cypryjskiego, co wskazuje, że musiało ono istnieć dużo wcześniej. Inny wielki poeta starożytności Hezjod w swojej księdze „Prace i Dni”, napisanej ok. 800 roku p.n.e., opisuje produkcję win na Cyprze w taki sposób, że nie ma wątpliwości, że miał na myśli ich słodycz. Upodobanie do wina cypryjskiego mieli faraonowi, podobnie jak Kleopatra. Król Salomon w swojej słynnej „Pieśni nad pieśniami” często wspomina o wyspie, jej winogrona i jej wino.
Obecnie jest czternaście wiosek na Cyprze, gdzie produkowana jest commandaria. Ich lokalizacją, a także dopuszczalną liczbę zbieranych gron z hektara określają przepisy AOC, można zebrać tylko 600 kg winogron z ha żeby użyć nazwy commandaria. Wino wyrabiane jest z lokalnych szczepów winogron – białych xynisteri lub czerwonych mavro, często też łączonych razem w dowolnych proporcjach. Winogrona są późno zbierane, a następnie suszone na słońcu na matach, aż zrodzynkują. Koncentracja cukru w wysuszonych gronach jest ogromna (dochodzi nawet do 200 g/l), fermentacja bardzo powolna, a wino musi następnie dojrzewać w dębowych beczkach przez minimum dwa lata. Nie zawsze wina commandaria są wzmacniane przez dodanie mocnego alkoholu (tradycyjnie był to alkohol o mocy 96% z winogron, obecnie coraz częściej jest to spirytus neutralny melasowy lub zbożowy). Często bardzo słodkie winogrona fermentują samoczynnie do tak wysokiej mocy, że nie wymagają wzmacniania. Po fermentacji wino ma zwykle ok. 13%, można dodać alkoholu do 15%, to jest górna granica dla commandaria. Mocny alkohol jest dodawany zaraz po fermentacji. Fermentacja trwa miesiąc, z udziałem lokalnych drożdży, które pozwalają zachować cukier przy bardzo długiej fermentacji. Jakość wina zawsze jest zatwierdzana przez specjalną komisję.
Commandaria czasami dojrzewa w systemie solera, zwanym na Cyprze mana. Powoduje to, że trudno określić rzeczywisty wiek wina. Cypryjczycy chętnie będą mówić, że ich wino ma sto lat. Umieszczane czasami na butelkach bardzo dawne daty odnoszą się jednak do uruchomienia solery, a nie do roku zbioru winogron. Coraz częściej są jednak wypuszczane wina commandraia vintage, z podaniem roku zbioru winogron i wina takie leżakują w beczkach, najczęściej ponownego napełnienia z francuskiego dębu. Proces starzenia musi odbywać się na Cyprze, ale nie koniecznie w wioskach wyznaczonych przez AOC, większość leżakowni jest przy dużych miastach i węzłach komunikacyjnych, podczas gdy wioski są wysoko w górach Troodos.
